На территории  Туркестана, общины Бахаи пользовались гораздо большей свободой, нежели в Персии, и могли осуществлять, подобно Ашгабатской общине, свою гуманитарную и просветительскую миссию, хотя и в меньших масштабах.
О распространении в те годы новой Веры на территории современного Узбекистана свидетельствует иранский историк Фазил Мазандарони в своем девяти томном труде «Торихе Зухур-уль-Хак» (История проявления истины. Т. 8). 

В 1885 г. в Самарканд прибыли первые бахаи иранского происхождения: Ага Муса и Ага Рахим из Мешхеда. Живя в Самарканде, они занимались торговлей и распространяли новое Учение. Им дважды удавалось оказаться в присутствии Бахауллы и Абдул-Баха на Святой земле и получить от них послания. В 1887 г. в Самарканд стали переезжать все большее число приверженцев Веры Бахаи. В основном они стремились сюда в поисках работы либо вследствие торговых интересов. К концу 80-х годов XIX в. самаркандская община уже насчитывала около 70 мужчин. В старом городе, недалеко от Чорсу, была построена гостиница для учителей и странников бахаи, открылась библиотека-читальня бахаи под названием «Вахдат» («Единство»). У некоторых верующих Самарканда, например в семье Мунджазиба и Махмуди, и по сей день сохранился сборник писаний и молитв Бахауллы на персидском и арабском языках, изданный в ташкентском издательстве Бахаи «Вахдат» в 1916 г.

Мазандарони также сообщает, что «в 1889 г. в Самарканд приехал выдающийся ученый-бахаи, в прошлом муджтахид  (доктор исламского права) Абул-Фазл Гульпейгани, уполномоченный самим Бахауллой встретиться с богословами и просвещенными людьми Самарканда и Бухары и распространить среди них его послание. Он прожил в Самарканде пять лет и встречался с большинством исламских и еврейских богословов, а также с мударрисами медресе, сообщая им весть о приходе обещанного Посланника Божьего и беседуя с ними на богословские темы.

Самым первым человеком в Самарканде, принявшем новую Веру и оставшимся стойким в ней, был военный врач Атоуллохон, переехавший в Самарканд из Афганистана в 1884 г. Вскоре он прославился как искусный врачеватель, стал оперировать больных, и женился на местной таджичке. Впоследствии все его дети и внуки приняли Веру Бахаи, а его брат Шодуллохон, часто бывая в Ашгабате, встречался там с бахаи и удостоился получения Посланий от Абдул-Баха и встречи с ним.
В 1929 г. доктор Атоуллохон и его брат стали основателями первого Местного Духовного Собрания Самарканда, в состав которого вошли следующие бахаи: Атоуллохон и его сын Хабибуллохон, Кори Масихон Тамхид, Мирахрор, Мулло Хайдар, Абдул Ваххоб Идхомии Тошканди, Атоуллох пирузии Ардабили, Ага Хусейн Махмудови Сабзевари, Ага Мухаммад Хошиме Язди».

В течение долгих семидесяти лет изоляции во времена коммунистического режима пламя Веры Бахаи в Самарканде сохранилось благодаря тому, что, несмотря на опасность арестов и преследования со стороны сначала НКВД,  затем ГПУ а в последствии КГБ всегда находились преданные души, продолжавшие распространять учение Бахауллы.
Свидетельства распространенности Веры Бахаи в  Средней Азии и Узбекистане в начале XX в. также приводит в своих воспоминаниях и Мирзо Мунир Набильзода. В соответствии с которыми  в 1912-1913 гг. уже существовали общины Бахаи в Самарканде, Ходженте, Кагане, Коканде, Чорджоу, Мерве, Кахкахе, Таджане, Андижане, Уратюбе и Ашгабате. Во время его пребывания в Ташкенте в 1911 г. число верующих там достигло шестнадцати.

О распространении Веры в Бухаре и ее окрестностях Набильзода сообщает следующее: «В 1888 г. прославленный ученый Абул-Фазл Гульпейгани приехал в Бухару. В то время в Бухаре насчитывалось около 70 тыс. населения, 160 мечетей и 140 медресе. Во время своего недельного пребывания в Бухаре он встречался с муфтием и с эмиром Бухары но не  посчитал возможным передать им послание о новом Откровении.  

Глава Веры Бахаи в период с 1921 г  по 1957 г,  правнук Бахауллы − Шоги Эффенди в своем историческом труде «Бог проходит рядом» свидетельствует, что Мирза Абул-Фазл и Ага Мухаммади Коини (Набили Акбар) были двумя источниками распространения веры в Туркестане. Они неоднократно выезжали и посещали окраины Самарканда и Бухары, Ташкент, Коканд, Маргилан, Андижан, Кайхон, Кашгар и Хатлон. В 1894-1895 гг. Мирзо Абул-Фазл уехал сначала на Святую землю, а затем в Каир. Шестого июля 1892 г. Ага Мухаммади Коини после продолжительной болезни скончался в Бухаре и там же был предан земле. Когда кладбищу стала грозить опасность разрушения, по распоряжению Абдул-Баха, останки Набили Акбара были перевезены и преданы земле в «Гулестоне Джовид» (кладбище Бахаи) в Ашгабате.