По прошествии десяти лет коммунистического режима враждебность его по отношению к бахаи, усилившись, стала проявляться в полной мере. В 1928 г. началось массовое выселение из страны бахаи иранского происхождения. Многие местные бахаи в Ташкенте и Самарканде подверглись допросам и тюремному заключению.

В период с 1934 по 1936 г. для религиозных общин наступила короткая передышка. Состоялись выборы в Духовные Собрания Бахаи, возобновилась религиозная деятельность. В 1938 г. выборные органы функционировали в   Ашгабате, , Бухаре и Ташкенте. Организованная группа Веры Бахаи действовала в Самарканде.

В годы репрессий, начиная с 1937 г., вместе с последователями других религиозных организаций Туркестана были репрессированы и представители Веры Бахаи. Многие из них были сосланы на лесоповалы в Архангельский край, в Сибирь, приговорены к длительным срокам тюремного заключения и даже расстреляны. Например, в Самарканде такая участь постигла упомянутых выше доктора Атоуллохона и его сына Хабибуллохона, Масихона Тамхиди Самарканди. Мулло Давлат Накибов, учитель из Охаклика Самаркандской области, был расстрелян в Ташкенте в 1939 г. (реабилитирован в 1961 г.). Мулло Зикрие был «раскулачен»: все его имущество и земля в Охаклике были конфискованы, а сам он вместе с семьей сослан на Северный Кавказ, где и умер.  Вадуд Махмуди был приговорен к 27 годам заключения и отбыл их в лагерях на Соловецких островах. Ага Садеги Мунджазиб (1905-1996) отсидел 9 лет в тюрьмах и лагерях. Судьба многих других, невинно пострадавших, остается неизвестной и по сей день.